scvi-tools в Claude: выбор модели вместо чтения документации

Материал академии Claude на русском - разбираем по шагам.

Экосистема scverse хороша тем, что в ней есть модель почти под любую задачу одноклеточного анализа. Она же этим и тяжела: чтобы понять, брать ли scVI или scArches, подойдёт ли SCANVI для вашей разметки и чем DestVI отличается от cell2location, надо прочитать несколько десятков страниц документации и туториалов. И повторить это каждый раз, когда меняется тип данных.

Что внутри набора

Навык scVI-Tools собирает весь этот массив знаний в одно место. Он покрывает интеграцию батчей (scVI, scArches), аннотацию типов клеток (SCANVI, CellAssign), деконволюцию пространственной транскриптомики (DestVI, Tangram, cell2location, Stereoscope), анализ доступности хроматина (PeakVI, scBasset), объединение мультимодальных данных (TotalVI для CITE-seq, MultiVI для RNA и ATAC) и анализ пертурбаций (contrastiveVI).

Для каждой модели навык даёт не только «что это», а пошаговый рабочий процесс, ориентиры по подбору параметров и разбор типовых проблем. То есть закрывает ровно те три вопроса, ради которых обычно и лезут в документацию: какую модель брать, какие числа поставить и почему результат выглядит странно.

Кому и как подключить

Полезнее всего он тем, у кого данные сложнее одного эксперимента: многобатчевые дизайны, мультимодальные протоколы вроде CITE-seq и multiome, пространственная транскриптомика, scATAC-seq. Именно там цена неверного выбора модели выше всего, а разобраться по документации дольше.

В Claude Code ставится двумя командами: /plugin marketplace add anthropics/life-sciences и /plugin install scvi-tools@life-sciences. В веб-версии Claude тот же навык загружается архивом через «Настройки» → «Возможности» → «Навыки»; в организации его кладёт в общую библиотеку владелец рабочего пространства, и он становится доступен всей команде сразу.

Совет

Начинайте разговор не с «сделай интеграцию», а с описания дизайна: сколько батчей, чем они отличаются, есть ли разметка типов клеток, какой протокол. Хорошая формулировка: «Вот дизайн эксперимента и вот характеристики данных. Предложи две подходящие модели из scvi-tools, объясни, чем они различаются на моих данных, и скажи, по каким признакам я пойму, что выбрал неправильно». Последняя часть важнее первой: критерий провала, названный заранее, спасает от красивой картинки, в которую вы поверите зря.

Где купить Claude

Подписку из России напрямую не оплатить, карты РФ у Anthropic не проходят. Мы держим в каталоге Claude Pro (2 090 ₽/мес), Max 5x (11 010 ₽/мес), Max 20x (22 010 ₽/мес) и пополнение API от $20 с оплатой картой РФ или СБП.