temavorobeyКонтроль качества одноклеточных данных — та самая работа, которую делают все и почти одинаково, но каждый раз заново. Посчитать число генов и молекул на клетку, долю митохондриальных, отсечь мусор, нарисовать привычный набор графиков. Кода немного, но он копируется из прошлого проекта, где пороги ставились «на глаз», и вместе с кодом переезжают чужие произвольные цифры.
Что делает навык
Навык single-cell-rna-qc даёт Claude умение проводить контроль качества данных scRNA-seq по практикам scverse: он работает с файлами .h5ad, считает метрики, фильтрует низкокачественные клетки и строит полный набор диагностических графиков.
Отдельно стоит отметить способ фильтрации. Вместо жёстких порогов вроде «меньше 200 генов — выбросить» используется MAD, медианное абсолютное отклонение: границы считаются от распределения ваших собственных данных. Для разных тканей и протоколов нормальные значения различаются в разы, и порог, честно работавший на PBMC, на опухолевой ткани выбросит половину живых клеток.
Кому и как подключить
Навык рассчитан на биоинформатиков, вычислительных биологов, исследователей одноклеточной геномики и аналитиков данных, которым надо быстро оценить качество датасета, убрать плохие клетки и получить стандартные графики, не собирая скрипт с нуля.
В Claude Code: /plugin marketplace add anthropics/life-sciences, затем /plugin install single-cell-rna-qc@life-sciences. В веб-версии навык загружается архивом через «Настройки» → «Возможности» → «Навыки»; владелец организации кладёт его в общую библиотеку, и он включается для всей команды.
Совет
Просите не только результат, но и цифры, по которым он получен: «покажи выбранные границы, сколько клеток отсеяно на каждом критерии и как выглядят распределения до и после». QC-шаг тем и опасен, что молча уносит часть биологии — например, клетки с высокой долей митохондриальных РНК бывают не мусором, а реальной популяцией. И держите итог воспроизводимым: пусть навык отдаст код, которым всё посчитано, и положите его рядом с данными. Через полгода при подготовке публикации вопрос «какие были пороги» задаст рецензент, и отвечать придётся точными числами.
Где купить Claude
Навыки работают на платных тарифах, а российской картой на сайте Anthropic подписка не оплачивается. У нас в каталоге Claude Pro (2 090 ₽/мес), Max 5x (11 010 ₽/мес), Max 20x (22 010 ₽/мес) и пополнение API от $20: карта РФ или СБП, поддержка на русском.
Обсуждение
0 комментариев